Download Alignment
(Note: includes all positions in family; we filtered this alignment to remove sites that had > 75% gaps before running GREMLIN. )

Length:

222

Sequences:

1838

Seq/Len:

8.28

HH_delta:

0.969 (20Jul13)

GREMLIN Results:
Residue pairs sorted by strength in covariance:Legend: The darker and larger the blue dots, the higher strength in covariance. Below we provide the list of the top [1.5 x length] gremlin predictions, sequence seperation > 3. The i and j are positions as given in the consensus sequence. Show Scaled Distribution

i

j

Raw Score

Scaled Score

55_F

218_A

0.5337

3.365

179_L

220_C

0.48033

3.028

6_E

9_N

0.42775

2.697

16_G

215_V

0.37553

2.368

108_W

112_A

0.37515

2.365

50_S

90_G

0.37218

2.346

148_W

181_L

0.37127

2.341

17_A

52_I

0.34034

2.146

112_A

116_I

0.33553

2.115

163_G

171_W

0.32337

2.039

212_I

216_L

0.31418

1.981

179_L

216_L

0.31091

1.960

179_L

217_A

0.30968

1.952

109_F

113_F

0.30152

1.901

24_L

48_L

0.29994

1.891

125_S

139_R

0.29887

1.884

171_W

175_L

0.29788

1.878

9_N

12_T

0.29657

1.870

144_L

181_L

0.29392

1.853

17_A

56_L

0.28764

1.813

187_Y

190_R

0.28412

1.791

10_I

63_L

0.28164

1.776

175_L

179_L

0.27595

1.740

38_P

42_I

0.27504

1.734

144_L

184_A

0.27372

1.726

108_W

111_L

0.2676

1.687

57_C

79_L

0.26494

1.670

184_A

210_W

0.25649

1.617

198_G

206_S

0.2456

1.548

89_A

118_A

0.24381

1.537

4_H

7_T

0.2426

1.529

41_Y

45_L

0.24159

1.523

75_I

79_L

0.23484

1.481

172_L

220_C

0.23337

1.471

61_Y

77_L

0.23276

1.467

25_I

29_S

0.23005

1.450

51_A

218_A

0.22757

1.435

62_H

207_H

0.22736

1.433

45_L

49_L

0.22323

1.407

52_I

56_L

0.22012

1.388

8_V

208_Q

0.21999

1.387

50_S

86_L

0.21982

1.386

189_T

198_G

0.21927

1.382

6_E

12_T

0.21885

1.380

80_D

84_I

0.21869

1.379

23_L

27_L

0.21501

1.356

50_S

87_L

0.21249

1.340

147_G

177_G

0.20795

1.311

207_H

211_H

0.20685

1.304

106_L

109_F

0.20685

1.304

105_W

109_F

0.20549

1.296

6_E

207_H

0.20061

1.265

153_P

156_H

0.19453

1.226

51_A

87_L

0.19434

1.225

47_Y

51_A

0.19423

1.225

117_L

146_L

0.19398

1.223

123_V

127_F

0.19245

1.213

12_T

208_Q

0.19165

1.208

93_T

115_W

0.19099

1.204

88_I

180_Y

0.19045

1.201

12_T

212_I

0.18782

1.184

9_N

207_H

0.18777

1.184

104_P

107_G

0.1872

1.180

100_F

103_H

0.18628

1.174

7_T

11_W

0.18508

1.167

42_I

46_I

0.18334

1.156

199_K

206_S

0.18332

1.156

39_W

103_H

0.18252

1.151

11_W

15_L

0.18188

1.147

121_G

142_F

0.18011

1.136

89_A

115_W

0.17957

1.132

83_G

86_L

0.17942

1.131

11_W

14_L

0.17771

1.120

56_L

60_L

0.17644

1.112

110_Y

156_H

0.17631

1.112

81_Y

187_Y

0.17627

1.111

158_I

163_G

0.17545

1.106

110_Y

153_P

0.17513

1.104

5_N

8_V

0.17495

1.103

21_L

52_I

0.17495

1.103

5_N

208_Q

0.1746

1.101

18_I

22_A

0.17408

1.098

109_F

112_A

0.17393

1.097

42_I

45_L

0.17292

1.090

114_I

146_L

0.17213

1.085

28_L

45_L

0.17184

1.083

43_P

97_Y

0.17122

1.079

87_L

91_S

0.17022

1.073

106_L

152_I

0.16559

1.044

174_I

178_V

0.16464

1.038

86_L

122_I

0.16257

1.025

58_S

80_D

0.16245

1.024

104_P

108_W

0.16214

1.022

189_T

206_S

0.16065

1.013

117_L

142_F

0.16063

1.013

4_H

8_V

0.16003

1.009

14_L

59_T

0.16002

1.009

47_Y

180_Y

0.15878

1.001

5_N

9_N

0.15748

0.993

103_H

107_G

0.15719

0.991

200_F

208_Q

0.15468

0.975

40_D

98_Y

0.15391

0.970

140_T

210_W

0.15358

0.968

23_L

222_Y

0.15346

0.968

9_N

62_H

0.15301

0.965

136_R

206_S

0.15161

0.956

210_W

221_H

0.15127

0.954

24_L

52_I

0.15116

0.953

175_L

220_C

0.15061

0.950

113_F

149_S

0.15036

0.948

198_G

208_Q

0.15009

0.946

129_C

133_P

0.14971

0.944

214_V

217_A

0.14933

0.941

29_S

33_S

0.14846

0.936

216_L

220_C

0.14769

0.931

75_I

78_R

0.14704

0.927

178_V

182_L

0.1466

0.924

151_I

158_I

0.14654

0.924

180_Y

218_A

0.14621

0.922

148_W

177_G

0.14592

0.920

14_L

60_L

0.14527

0.916

155_F

159_F

0.14479

0.913

26_F

30_L

0.14468

0.912

47_Y

55_F

0.14232

0.897

7_T

14_L

0.14186

0.894

78_R

82_A

0.14063

0.887

10_I

14_L

0.14036

0.885

134_R

186_F

0.14005

0.883

6_E

62_H

0.13945

0.879

22_A

26_F

0.13919

0.878

136_R

187_Y

0.13876

0.875

170_L

174_I

0.1378

0.869

5_N

14_L

0.13725

0.865

12_T

62_H

0.13717

0.865

137_W

141_I

0.13715

0.865

97_Y

107_G

0.13676

0.862

161_L

170_L

0.13599

0.857

82_A

122_I

0.13574

0.856

85_F

121_G

0.13544

0.854

14_L

68_S

0.13538

0.854

12_T

207_H

0.13534

0.853

119_L

123_V

0.13511

0.852

107_G

150_G

0.13381

0.844

37_S

40_D

0.1338

0.844

54_C

87_L

0.13361

0.842

160_F

163_G

0.13312

0.839

173_L

180_Y

0.13292

0.838

20_F

23_L

0.13262

0.836

218_A

221_H

0.13243

0.835

72_V

75_I

0.13228

0.834

180_Y

183_G

0.13218

0.833

114_I

118_A

0.13154

0.829

92_Y

114_I

0.13152

0.829

19_L

219_L

0.13142

0.829

32_S

41_Y

0.1308

0.825

155_F

158_I

0.13069

0.824

39_W

43_P

0.12885

0.812

106_L

156_H

0.12845

0.810

117_L

149_S

0.12799

0.807

190_R

206_S

0.12789

0.806

21_L

25_I

0.12782

0.806

141_I

145_L

0.12749

0.804

43_P

98_Y

0.12742

0.803

94_P

177_G

0.12677

0.799

88_I

177_G

0.12667

0.799

91_S

180_Y

0.12648

0.797

19_L

22_A

0.1264

0.797

10_I

59_T

0.12543

0.791

48_L

51_A

0.12512

0.789

5_N

200_F

0.1249

0.787

57_C

83_G

0.12458

0.785

91_S

221_H

0.12454

0.785

140_T

184_A

0.12447

0.785

128_P

135_F

0.12435

0.784

96_I

110_Y

0.12428

0.784

159_F

164_W

0.12395

0.781

200_F

206_S

0.12373

0.780

4_H

200_F

0.12278

0.774

13_H

58_S

0.12253

0.773

109_F

152_I

0.12236

0.771

89_A

146_L

0.12217

0.770

139_R

143_F

0.12127

0.765

151_I

154_I

0.12095

0.763

197_P

206_S

0.12047

0.760

180_Y

217_A

0.12028

0.758

14_L

18_I

0.12021

0.758

20_F

48_L

0.11999

0.756

8_V

17_A

0.11991

0.756

78_R

126_L

0.11955

0.754

96_I

100_F

0.11948

0.753

104_P

156_H

0.11943

0.753

88_I

92_Y

0.11934

0.752

40_D

43_P

0.11876

0.749

136_R

190_R

0.11823

0.745

30_L

33_S

0.11811

0.745

91_S

176_G

0.11732

0.740

185_V

189_T

0.11728

0.739

177_G

180_Y

0.11721

0.739

206_S

209_I

0.11712

0.738

34_P

37_S

0.11699

0.738

144_L

147_G

0.11681

0.736

117_L

217_A

0.11645

0.734

184_A

188_A

0.11629

0.733

82_A

126_L

0.11607

0.732

4_H

12_T

0.11561

0.729

125_S

140_T

0.11552

0.728

74_H

78_R

0.11523

0.726

93_T

176_G

0.11502

0.725

210_W

214_V

0.1149

0.724

60_L

76_F

0.11466

0.723

32_S

37_S

0.11463

0.723

186_F

200_F

0.11451

0.722

62_H

187_Y

0.11391

0.718

64_F

76_F

0.11378

0.717

144_L

148_W

0.11356

0.716

93_T

111_L

0.11353

0.716

61_Y

92_Y

0.11325

0.714

47_Y

87_L

0.11321

0.714

20_F

51_A

0.11318

0.714

77_L

136_R

0.11298

0.712

125_S

200_F

0.11293

0.712

26_F

32_S

0.11195

0.706

89_A

93_T

0.11179

0.705

12_T

215_V

0.11175

0.705

87_L

218_A

0.11173

0.704

171_W

174_I

0.1117

0.704

17_A

21_L

0.11163

0.704

144_L

186_F

0.11129

0.702

60_L

64_F

0.1112

0.701

49_L

53_L

0.11112

0.701

139_R

206_S

0.11074

0.698

128_P

134_R

0.1106

0.697

46_I

93_T

0.11058

0.697

118_A

146_L

0.11032

0.696

56_L

59_T

0.1097

0.692

39_W

97_Y

0.10969

0.692

154_I

171_W

0.10966

0.691

105_W

112_A

0.10948

0.690

64_F

97_Y

0.10924

0.689

99_G

160_F

0.10896

0.687

88_I

91_S

0.10887

0.686

8_V

12_T

0.1085

0.684

44_F

91_S

0.10848

0.684

88_I

183_G

0.10842

0.684

111_L

146_L

0.10842

0.684

100_F

157_R

0.1082

0.682

177_G

181_L

0.10808

0.681

31_A

71_K

0.10804

0.681

71_K

75_I

0.10798

0.681

109_F

116_I

0.10797

0.681

88_I

147_G

0.10791

0.680

93_T

121_G

0.10786

0.680

12_T

17_A

0.10766

0.679

75_I

129_C

0.10761

0.678

53_L

86_L

0.10752

0.678

156_H

159_F

0.10745

0.677

8_V

212_I

0.10735

0.677

177_G

184_A

0.10725

0.676

136_R

140_T

0.10701

0.675

97_Y

111_L

0.10662

0.672

73_Y

186_F

0.10632

0.670

62_H

80_D

0.10616

0.669

103_H

113_F

0.10612

0.669

90_G

147_G

0.10611

0.669

82_A

125_S

0.10605

0.669

74_H

133_P

0.10587

0.667

96_I

107_G

0.10559

0.666

6_E

187_Y

0.1055

0.665

24_L

222_Y

0.10542

0.665

29_S

32_S

0.10538

0.664

96_I

150_G

0.10521

0.663

213_F

216_L

0.10508

0.662

150_G

157_R

0.10479

0.661

135_F

210_W

0.10465

0.660

58_S

62_H

0.10405

0.656

172_L

177_G

0.10403

0.656

114_I

200_F

0.10396

0.655

89_A

92_Y

0.10384

0.655

164_W

171_W

0.10373

0.654

181_L

185_V

0.10358

0.653

53_L

56_L

0.10348

0.652

107_G

111_L

0.10341

0.652

95_F

221_H

0.10331

0.651

4_H

11_W

0.10296

0.649

37_S

103_H

0.10295

0.649

40_D

57_C

0.10265

0.647

10_I

78_R

0.1026

0.647

84_I

88_I

0.10257

0.647

161_L

165_G

0.10255

0.647

84_I

143_F

0.10253

0.646

53_L

60_L

0.10253

0.646

Legend: The value of the raw score is the function of the learning procedure, L2 normalization and APC (entropic) correction. These are to be used for relative ranking only.