GREMLIN Results:
Residue pairs sorted by strength in covariance:Legend: The darker and larger the blue dots, the higher strength in covariance. Below we provide the list of the top [1.5 x length] gremlin predictions, sequence seperation > 3. The i and j are positions as given in the consensus sequence. Show Scaled Distribution

i

j

Raw Score

Scaled Score

44_L

122_F

0.94053

5.185

183_R

187_R

0.5552

3.061

3_F

165_P

0.50172

2.766

85_G

194_I

0.43824

2.416

47_T

157_L

0.41403

2.282

51_A

153_A

0.39387

2.171

41_G

122_F

0.38598

2.128

39_N

164_L

0.37756

2.081

4_L

8_L

0.37572

2.071

37_L

118_P

0.37318

2.057

184_R

187_R

0.35029

1.931

9_G

159_F

0.34716

1.914

117_G

120_G

0.34154

1.883

184_R

188_L

0.34033

1.876

85_G

89_L

0.33733

1.860

47_T

160_G

0.33431

1.843

78_G

81_G

0.33244

1.833

17_C

20_I

0.33139

1.827

78_G

197_G

0.32822

1.809

45_S

126_F

0.32706

1.803

35_H

171_G

0.32696

1.802

33_L

172_L

0.32587

1.796

36_L

40_L

0.30885

1.703

50_G

152_G

0.30516

1.682

81_G

85_G

0.30497

1.681

191_V

195_I

0.30493

1.681

43_I

160_G

0.30433

1.678

85_G

190_G

0.30379

1.675

82_L

197_G

0.28777

1.586

12_H

15_G

0.2845

1.568

89_L

194_I

0.27964

1.542

40_L

122_F

0.27814

1.533

54_G

149_P

0.26802

1.477

82_L

194_I

0.26786

1.477

41_G

162_G

0.26613

1.467

89_L

190_G

0.2655

1.464

34_R

121_A

0.26511

1.461

68_G

71_R

0.25604

1.411

6_G

162_G

0.25024

1.379

12_H

17_C

0.24813

1.368

68_G

72_I

0.24188

1.333

37_L

121_A

0.24047

1.326

74_G

78_G

0.24019

1.324

12_H

16_M

0.23892

1.317

150_L

153_A

0.23861

1.315

2_A

155_L

0.2322

1.280

21_A

25_S

0.22909

1.263

106_R

109_Q

0.22863

1.260

42_R

163_T

0.22468

1.239

3_F

161_L

0.22403

1.235

102_H

106_R

0.22355

1.232

52_L

55_L

0.21838

1.204

21_A

24_L

0.21764

1.200

187_R

191_V

0.21566

1.189

39_N

168_L

0.21446

1.182

103_G

106_R

0.21382

1.179

134_G

137_Y

0.21379

1.179

51_A

149_P

0.20901

1.152

78_G

85_G

0.20763

1.145

140_L

156_M

0.2055

1.133

2_A

139_A

0.20411

1.125

43_I

47_T

0.20358

1.122

86_L

91_G

0.20358

1.122

44_L

126_F

0.20092

1.108

38_Y

128_N

0.20008

1.103

153_A

157_L

0.19888

1.096

128_N

131_L

0.19854

1.094

190_G

194_I

0.19744

1.088

50_G

57_G

0.19733

1.088

148_S

151_Y

0.19657

1.084

75_I

79_L

0.19518

1.076

149_P

152_G

0.19444

1.072

83_F

92_P

0.19367

1.068

12_H

18_G

0.19354

1.067

45_S

129_G

0.19335

1.066

37_L

122_F

0.19151

1.056

146_S

151_Y

0.19123

1.054

20_I

23_A

0.1878

1.035

191_V

194_I

0.18685

1.030

37_L

40_L

0.186

1.025

38_Y

121_A

0.1858

1.024

39_N

43_I

0.18524

1.021

166_A

170_A

0.18504

1.020

42_R

45_S

0.18497

1.020

82_L

85_G

0.18486

1.019

54_G

57_G

0.18361

1.012

10_S

46_Y

0.18359

1.012

15_G

18_G

0.18288

1.008

21_A

167_L

0.18273

1.007

73_I

77_L

0.1826

1.007

17_C

42_R

0.18122

0.999

147_G

152_G

0.17968

0.990

149_P

153_A

0.17902

0.987

69_L

73_I

0.17865

0.985

50_G

54_G

0.17803

0.981

189_A

197_G

0.17734

0.978

143_A

156_M

0.17714

0.976

33_L

36_L

0.17571

0.969

9_G

135_P

0.17566

0.968

166_A

169_L

0.17472

0.963

40_L

157_L

0.17457

0.962

46_Y

137_Y

0.17306

0.954

16_M

167_L

0.17189

0.948

79_L

83_F

0.1714

0.945

18_G

163_T

0.17136

0.945

109_Q

113_R

0.17109

0.943

90_G

93_R

0.17062

0.941

106_R

110_P

0.17031

0.939

178_S

181_L

0.16948

0.934

188_L

191_V

0.16944

0.934

122_F

126_F

0.16925

0.933

3_F

162_G

0.16873

0.930

75_I

78_G

0.16855

0.929

153_A

156_M

0.1677

0.924

54_G

144_A

0.16706

0.921

49_L

140_L

0.16559

0.913

157_L

161_L

0.16476

0.908

107_R

110_P

0.16469

0.908

5_L

46_Y

0.16404

0.904

43_I

157_L

0.16403

0.904

14_I

132_P

0.16244

0.895

54_G

153_A

0.16242

0.895

50_G

156_M

0.16228

0.895

58_S

61_S

0.1622

0.894

5_L

8_L

0.16203

0.893

38_Y

46_Y

0.16145

0.890

47_T

153_A

0.16122

0.889

103_G

107_R

0.16092

0.887

46_Y

133_C

0.15961

0.880

130_L

134_G

0.15861

0.874

39_N

171_G

0.15805

0.871

163_T

167_L

0.1568

0.864

42_R

165_P

0.15675

0.864

46_Y

129_G

0.15628

0.862

9_G

16_M

0.15593

0.860

85_G

197_G

0.15551

0.857

72_I

75_I

0.15534

0.856

16_M

20_I

0.15515

0.855

76_L

154_L

0.15468

0.853

185_L

189_A

0.154

0.849

78_G

82_L

0.15225

0.839

128_N

132_P

0.15217

0.839

84_L

193_L

0.15151

0.835

42_R

160_G

0.15129

0.834

56_L

59_G

0.15094

0.832

164_L

167_L

0.14963

0.825

12_H

39_N

0.14951

0.824

175_G

179_R

0.14943

0.824

51_A

54_G

0.14774

0.814

10_S

166_A

0.14757

0.813

180_R

184_R

0.14749

0.813

50_G

140_L

0.14685

0.810

10_S

16_M

0.14635

0.807

51_A

148_S

0.14528

0.801

3_F

158_A

0.1444

0.796

167_L

171_G

0.14429

0.795

183_R

186_L

0.14429

0.795

138_F

193_L

0.1442

0.795

87_R

90_G

0.144

0.794

5_L

135_P

0.14384

0.793

25_S

167_L

0.14239

0.785

49_L

80_L

0.14236

0.785

2_A

158_A

0.14202

0.783

63_S

68_G

0.14178

0.782

16_M

164_L

0.14169

0.781

11_L

14_I

0.14113

0.778

109_Q

112_L

0.14103

0.777

121_A

128_N

0.1408

0.776

16_M

128_N

0.1403

0.773

43_I

88_L

0.13996

0.772

174_A

178_S

0.13996

0.772

39_N

42_R

0.1396

0.770

41_G

126_F

0.13952

0.769

42_R

46_Y

0.13886

0.765

21_A

131_L

0.13855

0.764

50_G

158_A

0.13852

0.764

41_G

125_G

0.13843

0.763

125_G

133_C

0.13831

0.762

60_L

64_G

0.13819

0.762

28_Q

31_R

0.13815

0.762

50_G

160_G

0.13788

0.760

40_L

44_L

0.13756

0.758

186_L

193_L

0.13734

0.757

58_S

62_L

0.13719

0.756

135_P

138_F

0.13638

0.752

136_V

156_M

0.13568

0.748

10_S

163_T

0.13561

0.748

46_Y

131_L

0.13557

0.747

74_G

81_G

0.13529

0.746

177_L

195_I

0.13512

0.745

84_L

87_R

0.13482

0.743

88_L

158_A

0.13436

0.741

16_M

132_P

0.13432

0.740

119_W

195_I

0.13395

0.738

110_P

113_R

0.13369

0.737

161_L

168_L

0.13362

0.737

17_C

46_Y

0.13323

0.734

17_C

131_L

0.13313

0.734

36_L

168_L

0.13295

0.733

56_L

166_A

0.13293

0.733

154_L

157_L

0.1329

0.733

150_L

154_L

0.1327

0.732

100_L

103_G

0.1323

0.729

74_G

77_L

0.13212

0.728

134_G

142_L

0.13166

0.726

87_R

92_P

0.13142

0.724

138_F

142_L

0.13115

0.723

10_S

167_L

0.13102

0.722

144_A

156_M

0.13099

0.722

7_L

10_S

0.13069

0.720

80_L

141_A

0.1302

0.718

22_L

26_L

0.12988

0.716

12_H

163_T

0.12936

0.713

70_R

74_G

0.12924

0.712

116_K

120_G

0.12911

0.712

59_G

63_S

0.12894

0.711

189_A

193_L

0.12889

0.711

184_R

198_I

0.12835

0.708

82_L

86_L

0.12828

0.707

3_F

7_L

0.12784

0.705

24_L

113_R

0.12759

0.703

16_M

46_Y

0.12754

0.703

140_L

144_A

0.12751

0.703

87_R

91_G

0.12717

0.701

70_R

73_I

0.12679

0.699

21_A

26_L

0.12669

0.698

88_L

189_A

0.12603

0.695

176_K

179_R

0.12592

0.694

70_R

141_A

0.1258

0.693

9_G

12_H

0.12535

0.691

126_F

173_L

0.12492

0.689

126_F

129_G

0.12462

0.687

16_M

163_T

0.12443

0.686

77_L

81_G

0.12442

0.686

139_A

143_A

0.12434

0.685

138_F

144_A

0.12418

0.685

54_G

147_G

0.12411

0.684

23_A

27_S

0.12402

0.684

14_I

18_G

0.12303

0.678

125_G

162_G

0.12288

0.677

10_S

21_A

0.12249

0.675

171_G

175_G

0.12248

0.675

71_R

75_I

0.12225

0.674

16_M

21_A

0.12224

0.674

182_R

186_L

0.12219

0.674

35_H

39_N

0.12202

0.673

45_S

63_S

0.12174

0.671

37_L

41_G

0.12169

0.671

154_L

158_A

0.12118

0.668

12_H

42_R

0.12115

0.668

167_L

174_A

0.12093

0.667

87_R

130_L

0.12076

0.666

39_N

165_P

0.1205

0.664

5_L

139_A

0.12032

0.663

26_L

32_W

0.12002

0.662

34_R

37_L

0.11998

0.661

17_C

163_T

0.11997

0.661

143_A

147_G

0.1199

0.661

173_L

177_L

0.11977

0.660

17_C

21_A

0.11961

0.659

10_S

38_Y

0.1192

0.657

129_G

159_F

0.11912

0.657

128_N

167_L

0.11888

0.655

119_W

123_L

0.11864

0.654

156_M

160_G

0.11825

0.652

173_L

176_K

0.11821

0.652

43_I

164_L

0.11814

0.651

192_L

196_L

0.11801

0.651

10_S

193_L

0.11794

0.650

2_A

9_G

0.11768

0.649

123_L

126_F

0.11737

0.647

55_L

110_P

0.11723

0.646

52_L

56_L

0.11704

0.645

56_L

141_A

0.11672

0.643

139_A

142_L

0.11644

0.642

133_C

159_F

0.1162

0.641

20_I

132_P

0.11588

0.639

6_G

139_A

0.11578

0.638

40_L

47_T

0.11577

0.638

Legend: The value of the raw score is the function of the learning procedure, L2 normalization and APC (entropic) correction. These are to be used for relative ranking only.

HHsearch Results:
Top (length/2) GREMLIN results overlayed on top 10 PDB hits: Legend: The grey circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The coloring of these circles is based on HHsearch results which uses the overall probability, per-site alignment prob and agreement of top hits weighted by HHsearch score (Note we only consider monomeric contacts, there might be homo-oligomeric contacts in the pdb that are not shown.)