GREMLIN Results:
Residue pairs sorted by strength in covariance:Legend: The darker and larger the blue dots, the higher strength in covariance. Below we provide the list of the top [1.5 x length] gremlin predictions, sequence seperation > 3. The i and j are positions as given in the consensus sequence. Show Scaled Distribution

i

j

Raw Score

Scaled Score

67_G

181_I

0.57763

3.524

27_P

30_R

0.48935

2.986

46_I

138_I

0.47547

2.901

74_A

174_G

0.43009

2.624

76_K

79_H

0.41604

2.538

28_E

32_K

0.35173

2.146

44_L

117_L

0.34401

2.099

40_G

113_E

0.32779

2.000

72_Y

76_K

0.31912

1.947

36_W

40_G

0.30259

1.846

6_L

130_I

0.3003

1.832

3_L

127_A

0.29938

1.827

76_K

80_E

0.29537

1.802

72_Y

75_I

0.293

1.788

135_F

139_T

0.2901

1.770

46_I

50_F

0.27981

1.707

171_A

175_F

0.27236

1.662

31_R

153_F

0.2688

1.640

75_I

79_H

0.25718

1.569

31_R

35_F

0.25628

1.564

29_Q

32_K

0.25596

1.562

4_V

143_I

0.2545

1.553

7_E

11_S

0.25156

1.535

51_L

54_W

0.24502

1.495

32_K

35_F

0.23587

1.439

15_A

152_S

0.23469

1.432

74_A

177_G

0.23141

1.412

33_A

37_G

0.2293

1.399

40_G

44_L

0.22131

1.350

33_A

112_I

0.2169

1.323

153_F

157_K

0.2164

1.320

67_G

177_G

0.21436

1.308

78_L

167_Y

0.21404

1.306

45_R

127_A

0.21355

1.303

157_K

161_R

0.21158

1.291

42_I

146_L

0.20805

1.269

178_V

182_L

0.20584

1.256

4_V

8_I

0.20522

1.252

25_L

33_A

0.20348

1.241

39_I

43_V

0.2025

1.236

26_P

29_Q

0.20145

1.229

25_L

104_S

0.20133

1.228

74_A

182_L

0.19991

1.220

47_I

51_L

0.19827

1.210

51_L

55_L

0.198

1.208

68_L

72_Y

0.19599

1.196

78_L

170_A

0.19286

1.177

23_R

160_E

0.19069

1.163

38_I

149_R

0.19065

1.163

6_L

176_I

0.18955

1.157

3_L

7_E

0.18936

1.155

147_L

151_L

0.1881

1.148

66_G

125_L

0.18768

1.145

45_R

123_S

0.18539

1.131

79_H

83_D

0.18455

1.126

52_A

117_L

0.18373

1.121

13_D

122_D

0.18339

1.119

106_W

110_I

0.18284

1.116

13_D

16_F

0.18219

1.112

14_N

145_I

0.18177

1.109

32_K

36_W

0.18163

1.108

110_I

114_L

0.1816

1.108

110_I

113_E

0.18114

1.105

74_A

170_A

0.17885

1.091

167_Y

171_A

0.17833

1.088

128_V

131_T

0.17787

1.085

104_S

107_L

0.17757

1.083

47_I

124_V

0.17547

1.071

35_F

39_I

0.17487

1.067

107_L

110_I

0.17472

1.066

27_P

31_R

0.17464

1.066

17_V

126_A

0.17286

1.055

36_W

39_I

0.17067

1.041

14_N

45_R

0.16973

1.036

71_L

174_G

0.16938

1.033

50_F

138_I

0.1685

1.028

74_A

155_L

0.16749

1.022

159_L

166_K

0.16725

1.020

39_I

106_W

0.16534

1.009

68_L

83_D

0.16435

1.003

15_A

174_G

0.16377

0.999

14_N

123_S

0.16259

0.992

20_M

24_K

0.16188

0.988

22_F

156_A

0.16028

0.978

118_V

121_L

0.1594

0.973

14_N

41_A

0.15913

0.971

96_K

99_P

0.159

0.970

155_L

158_L

0.15783

0.963

43_V

47_I

0.15779

0.963

11_S

151_L

0.1575

0.961

100_V

103_S

0.15701

0.958

32_K

105_L

0.15676

0.956

19_A

159_L

0.15663

0.956

9_V

68_L

0.15592

0.951

103_S

106_W

0.15484

0.945

59_F

62_I

0.15477

0.944

5_L

56_L

0.15441

0.942

63_L

176_I

0.15399

0.940

25_L

108_A

0.15391

0.939

106_W

109_V

0.15282

0.932

24_K

170_A

0.15222

0.929

5_L

68_L

0.15209

0.928

95_K

103_S

0.15205

0.928

103_S

107_L

0.15142

0.924

3_L

139_T

0.15116

0.922

7_E

119_F

0.15106

0.922

101_S

106_W

0.15096

0.921

78_L

128_V

0.15073

0.920

131_T

135_F

0.14968

0.913

81_E

84_E

0.14936

0.911

82_R

85_D

0.14902

0.909

53_S

135_F

0.14793

0.903

64_L

181_I

0.14641

0.893

77_L

170_A

0.14603

0.891

55_L

62_I

0.14548

0.888

81_E

167_Y

0.14542

0.887

52_A

147_L

0.14541

0.887

175_F

179_K

0.14538

0.887

38_I

146_L

0.14461

0.882

172_I

179_K

0.1446

0.882

165_L

168_L

0.14413

0.879

46_I

127_A

0.1438

0.877

68_L

163_P

0.14366

0.877

34_L

141_N

0.14365

0.876

53_S

132_D

0.1436

0.876

83_D

162_F

0.14306

0.873

102_K

107_L

0.14302

0.873

5_L

114_L

0.14197

0.866

69_F

73_I

0.1412

0.862

66_G

180_L

0.14094

0.860

69_F

177_G

0.1407

0.858

61_W

65_I

0.14049

0.857

46_I

141_N

0.14043

0.857

10_L

44_L

0.14028

0.856

35_F

38_I

0.14016

0.855

13_D

45_R

0.13985

0.853

15_A

18_I

0.13944

0.851

13_D

17_V

0.13937

0.850

114_L

117_L

0.13896

0.848

139_T

143_I

0.13873

0.846

55_L

100_V

0.13834

0.844

19_A

156_A

0.13831

0.844

44_L

120_S

0.1375

0.839

45_R

122_D

0.13742

0.838

153_F

156_A

0.13734

0.838

111_Q

114_L

0.13628

0.831

61_W

75_I

0.13619

0.831

164_Y

167_Y

0.13588

0.829

108_A

115_A

0.13487

0.823

54_W

142_I

0.13481

0.823

51_L

178_V

0.13394

0.817

170_A

174_G

0.13393

0.817

145_I

149_R

0.1329

0.811

31_R

154_L

0.13227

0.807

41_A

146_L

0.13175

0.804

74_A

173_L

0.13159

0.803

49_I

141_N

0.13133

0.801

5_L

9_V

0.13115

0.800

68_L

102_K

0.1311

0.800

53_S

57_S

0.13093

0.799

137_V

144_S

0.13075

0.798

114_L

118_V

0.13054

0.796

98_F

102_K

0.13034

0.795

77_L

121_L

0.12983

0.792

6_L

62_I

0.12979

0.792

48_F

120_S

0.12968

0.791

24_K

180_L

0.12967

0.791

37_G

124_V

0.12893

0.787

79_H

164_Y

0.12877

0.786

11_S

120_S

0.12871

0.785

19_A

23_R

0.12864

0.785

77_L

166_K

0.12829

0.783

26_P

32_K

0.12825

0.782

57_S

75_I

0.12823

0.782

166_K

169_A

0.12787

0.780

27_P

157_K

0.12756

0.778

129_G

180_L

0.1274

0.777

80_E

83_D

0.12668

0.773

50_F

134_F

0.12657

0.772

84_E

163_P

0.12637

0.771

35_F

121_L

0.12597

0.769

83_D

97_F

0.12584

0.768

15_A

19_A

0.12563

0.767

60_P

64_L

0.12559

0.766

7_E

149_R

0.12551

0.766

14_N

165_L

0.12543

0.765

3_L

142_I

0.1253

0.764

16_F

165_L

0.12502

0.763

26_P

30_R

0.12481

0.762

14_N

37_G

0.12479

0.761

37_G

41_A

0.12461

0.760

75_I

78_L

0.12454

0.760

60_P

73_I

0.12448

0.759

35_F

113_E

0.12424

0.758

39_I

109_V

0.12411

0.757

70_L

105_L

0.12403

0.757

118_V

172_I

0.124

0.757

37_G

45_R

0.12342

0.753

42_I

142_I

0.12321

0.752

109_V

160_E

0.12289

0.750

71_L

75_I

0.12251

0.747

146_L

150_F

0.12224

0.746

148_M

152_S

0.12221

0.746

13_D

37_G

0.12214

0.745

127_A

137_V

0.122

0.744

56_L

99_P

0.12186

0.744

127_A

130_I

0.1217

0.743

32_K

162_F

0.12157

0.742

41_A

48_F

0.12149

0.741

16_F

62_I

0.12149

0.741

57_S

100_V

0.12098

0.738

109_V

112_I

0.12088

0.738

20_M

166_K

0.12046

0.735

61_W

172_I

0.12045

0.735

119_F

123_S

0.12003

0.732

65_I

178_V

0.11996

0.732

18_I

159_L

0.11951

0.729

11_S

115_A

0.11945

0.729

22_F

112_I

0.11943

0.729

144_S

152_S

0.11941

0.729

54_W

57_S

0.11928

0.728

131_T

136_I

0.11922

0.727

4_V

15_A

0.11894

0.726

133_D

140_G

0.11894

0.726

42_I

182_L

0.11857

0.723

10_L

13_D

0.11854

0.723

123_S

126_A

0.11844

0.723

46_I

140_G

0.1184

0.722

8_I

50_F

0.11825

0.721

50_F

135_F

0.11772

0.718

105_L

108_A

0.11765

0.718

75_I

177_G

0.11722

0.715

28_E

106_W

0.1168

0.713

9_V

114_L

0.11668

0.712

138_I

141_N

0.11657

0.711

78_L

81_E

0.11652

0.711

21_I

24_K

0.11635

0.710

53_S

128_V

0.11627

0.709

96_K

133_D

0.11622

0.709

66_G

119_F

0.1162

0.709

73_I

77_L

0.1161

0.708

57_S

103_S

0.11606

0.708

63_L

180_L

0.11558

0.705

68_L

97_F

0.11558

0.705

166_K

170_A

0.11544

0.704

125_L

173_L

0.11508

0.702

24_K

108_A

0.11471

0.700

3_L

137_V

0.11461

0.699

3_L

66_G

0.11433

0.698

81_E

178_V

0.11418

0.697

140_G

144_S

0.11405

0.696

61_W

64_L

0.114

0.696

136_I

148_M

0.11385

0.695

75_I

175_F

0.11377

0.694

44_L

113_E

0.11369

0.694

Legend: The value of the raw score is the function of the learning procedure, L2 normalization and APC (entropic) correction. These are to be used for relative ranking only.

HHsearch Results:
Top (length/2) GREMLIN results overlayed on top 10 PDB hits: Legend: The grey circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The coloring of these circles is based on HHsearch results which uses the overall probability, per-site alignment prob and agreement of top hits weighted by HHsearch score (Note we only consider monomeric contacts, there might be homo-oligomeric contacts in the pdb that are not shown.)