Download Alignment
(Note: includes all positions in family; we filtered this alignment to remove sites that had > 75% gaps before running GREMLIN. )

Length:

183

Sequences:

3794

Seq/Len:

20.73

HH_delta:

0.919 (20Jul13)

GREMLIN Results:
Residue pairs sorted by strength in covariance:Legend: The darker and larger the blue dots, the higher strength in covariance. Below we provide the list of the top [1.5 x length] gremlin predictions, sequence seperation > 3. The i and j are positions as given in the consensus sequence. Show Scaled Distribution

i

j

Raw Score

Scaled Score

114_H

117_K

0.60849

2.838

127_R

131_I

0.60213

2.808

138_W

142_F

0.6001

2.799

13_S

67_N

0.49652

2.316

31_L

45_L

0.49432

2.305

146_K

150_L

0.4883

2.277

97_L

143_I

0.48786

2.275

44_R

127_R

0.4677

2.181

54_R

134_Y

0.46766

2.181

44_R

124_P

0.45629

2.128

30_R

116_E

0.44073

2.056

34_L

120_L

0.44073

2.056

35_A

46_L

0.43571

2.032

15_F

125_L

0.42141

1.965

142_F

146_K

0.41851

1.952

47_K

127_R

0.4074

1.900

16_F

62_G

0.40009

1.866

32_E

36_E

0.39202

1.828

121_R

125_L

0.3887

1.813

39_D

120_L

0.38067

1.775

117_K

121_R

0.37724

1.759

46_L

50_E

0.36696

1.711

19_A

122_L

0.35969

1.678

58_T

129_L

0.35969

1.678

124_P

128_V

0.34352

1.602

32_E

46_L

0.33679

1.571

122_L

125_L

0.33578

1.566

4_L

8_L

0.33341

1.555

35_A

43_R

0.33276

1.552

43_R

47_K

0.32819

1.531

31_L

46_L

0.32787

1.529

12_L

66_S

0.32321

1.507

38_G

42_A

0.31727

1.480

68_V

71_G

0.31548

1.471

13_S

63_N

0.31238

1.457

163_E

167_R

0.3111

1.451

45_L

123_A

0.30556

1.425

131_I

134_Y

0.30429

1.419

45_L

119_A

0.30369

1.416

44_R

123_A

0.29611

1.381

74_A

78_A

0.29586

1.380

15_F

122_L

0.29141

1.359

89_L

93_L

0.29122

1.358

6_A

95_I

0.29063

1.355

10_L

98_L

0.28082

1.310

142_F

145_N

0.27887

1.301

3_L

7_L

0.27666

1.290

20_E

108_K

0.27519

1.283

63_N

67_N

0.27509

1.283

59_I

126_L

0.27402

1.278

148_L

153_I

0.274

1.278

173_G

177_G

0.27359

1.276

166_L

173_G

0.27169

1.267

162_S

166_L

0.2677

1.249

58_T

137_V

0.26526

1.237

13_S

17_S

0.26229

1.223

5_L

8_L

0.25884

1.207

74_A

95_I

0.2561

1.194

67_N

99_I

0.25524

1.190

63_N

99_I

0.25247

1.177

41_R

120_L

0.25238

1.177

41_R

124_P

0.25212

1.176

39_D

42_A

0.25098

1.171

48_L

55_L

0.25076

1.170

106_L

147_I

0.24868

1.160

17_S

21_T

0.2486

1.159

40_K

43_R

0.24794

1.156

18_A

111_A

0.2469

1.152

33_E

37_E

0.24648

1.150

60_L

63_N

0.24614

1.148

134_Y

138_W

0.24111

1.125

48_L

123_A

0.23996

1.119

130_M

134_Y

0.23814

1.111

70_A

99_I

0.23754

1.108

5_L

73_L

0.23746

1.107

21_T

24_F

0.23478

1.095

110_L

153_I

0.23295

1.086

44_R

47_K

0.23035

1.074

93_L

97_L

0.22886

1.067

72_V

92_F

0.22686

1.058

41_R

45_L

0.22604

1.054

18_A

118_I

0.2234

1.042

162_S

165_E

0.22325

1.041

31_L

49_L

0.22173

1.034

161_V

169_L

0.22148

1.033

72_V

75_T

0.22125

1.032

16_F

129_L

0.22099

1.031

14_A

18_A

0.2188

1.020

45_L

49_L

0.21803

1.017

54_R

130_M

0.21779

1.016

128_V

131_I

0.21473

1.001

34_L

39_D

0.21358

0.996

104_E

108_K

0.21119

0.985

68_V

96_T

0.2092

0.976

75_T

79_S

0.20874

0.974

125_L

128_V

0.20701

0.965

71_G

75_T

0.20524

0.957

24_F

112_R

0.20275

0.946

13_S

66_S

0.20242

0.944

21_T

111_A

0.20171

0.941

166_L

179_I

0.20037

0.934

53_E

145_N

0.19937

0.930

63_N

104_E

0.19829

0.925

6_A

70_A

0.19803

0.924

64_T

92_F

0.19692

0.918

60_L

99_I

0.19673

0.918

63_N

103_G

0.19672

0.917

47_K

51_R

0.19516

0.910

64_T

108_K

0.19514

0.910

42_A

119_A

0.19424

0.906

9_L

69_L

0.19397

0.905

17_S

104_E

0.19392

0.904

70_A

95_I

0.19244

0.898

73_L

77_L

0.1924

0.897

66_S

96_T

0.19201

0.896

18_A

22_A

0.19177

0.894

8_L

12_L

0.19123

0.892

75_T

91_A

0.18951

0.884

11_L

151_F

0.18856

0.879

135_P

139_L

0.18747

0.874

146_K

149_K

0.18711

0.873

118_I

122_L

0.18518

0.864

31_L

42_A

0.1849

0.862

63_N

105_I

0.18405

0.858

11_L

14_A

0.18377

0.857

72_V

100_L

0.18216

0.850

99_I

105_I

0.18215

0.850

145_N

149_K

0.18197

0.849

9_L

19_A

0.18135

0.846

35_A

39_D

0.18092

0.844

51_R

54_R

0.18088

0.844

58_T

130_M

0.18083

0.843

28_R

164_E

0.18058

0.842

30_R

34_L

0.17831

0.832

68_V

75_T

0.17824

0.831

32_E

35_A

0.17816

0.831

26_L

115_P

0.17802

0.830

73_L

76_V

0.17787

0.830

10_L

14_A

0.17784

0.829

52_P

55_L

0.1771

0.826

26_L

116_E

0.17646

0.823

64_T

96_T

0.17583

0.820

13_S

59_I

0.17539

0.818

64_T

99_I

0.17517

0.817

87_A

91_A

0.17463

0.814

141_S

145_N

0.17449

0.814

13_S

99_I

0.17345

0.809

21_T

52_P

0.1733

0.808

74_A

77_L

0.17259

0.805

64_T

68_V

0.17201

0.802

151_F

154_E

0.1718

0.801

55_L

126_L

0.17127

0.799

57_S

165_E

0.17032

0.794

17_S

63_N

0.16995

0.793

42_A

120_L

0.16929

0.790

175_E

182_E

0.16892

0.788

159_P

176_E

0.16814

0.784

121_R

124_P

0.16786

0.783

12_L

16_F

0.16735

0.780

68_V

92_F

0.16702

0.779

30_R

33_E

0.16686

0.778

28_R

46_L

0.16673

0.778

148_L

152_G

0.16615

0.775

21_T

112_R

0.16542

0.771

124_P

127_R

0.16538

0.771

83_G

87_A

0.16506

0.770

71_G

92_F

0.16503

0.770

7_L

128_V

0.16482

0.769

53_E

109_A

0.16465

0.768

6_A

77_L

0.16456

0.767

19_A

126_L

0.16444

0.767

129_L

133_L

0.16351

0.763

136_L

140_L

0.16337

0.762

77_L

80_N

0.16322

0.761

21_T

25_S

0.16321

0.761

113_R

153_I

0.16213

0.756

78_A

81_L

0.16087

0.750

41_R

123_A

0.16082

0.750

71_G

115_P

0.16068

0.749

149_K

154_E

0.16051

0.749

139_L

142_F

0.16048

0.748

110_L

114_H

0.15935

0.743

18_A

140_L

0.15885

0.741

91_A

95_I

0.15802

0.737

163_E

183_E

0.15773

0.736

17_S

20_E

0.15711

0.733

5_L

9_L

0.15647

0.730

4_L

117_K

0.15604

0.728

18_A

122_L

0.15573

0.726

59_I

92_F

0.15569

0.726

14_A

92_F

0.15544

0.725

86_W

90_I

0.15538

0.725

35_A

38_G

0.15533

0.724

56_L

105_I

0.15514

0.724

97_L

140_L

0.15493

0.723

17_S

99_I

0.15424

0.719

110_L

118_I

0.15421

0.719

41_R

121_R

0.15353

0.716

15_F

62_G

0.15349

0.716

9_L

14_A

0.15275

0.712

13_S

60_L

0.15221

0.710

6_A

96_T

0.15217

0.710

47_K

50_E

0.15201

0.709

88_L

92_F

0.15105

0.704

66_S

73_L

0.15095

0.704

56_L

60_L

0.15083

0.703

148_L

155_N

0.15065

0.703

174_E

179_I

0.15046

0.702

53_E

141_S

0.15023

0.701

52_P

56_L

0.15015

0.700

60_L

67_N

0.15006

0.700

42_A

116_E

0.14993

0.699

78_A

82_F

0.14987

0.699

63_N

66_S

0.14983

0.699

71_G

96_T

0.14957

0.698

54_R

138_W

0.14935

0.697

10_L

13_S

0.14832

0.692

61_L

129_L

0.14807

0.691

168_S

172_E

0.14791

0.690

132_L

135_P

0.14761

0.688

79_S

169_L

0.14724

0.687

61_L

64_T

0.14721

0.687

57_S

140_L

0.14689

0.685

167_R

170_V

0.1459

0.680

113_R

144_S

0.14515

0.677

25_S

112_R

0.14513

0.677

60_L

71_G

0.14502

0.676

7_L

11_L

0.14493

0.676

43_R

46_L

0.14493

0.676

174_E

178_V

0.14488

0.676

95_I

98_L

0.14456

0.674

80_N

83_G

0.14414

0.672

175_E

181_E

0.14412

0.672

64_T

104_E

0.14361

0.670

96_T

100_L

0.1434

0.669

116_E

120_L

0.14319

0.668

8_L

127_R

0.14295

0.667

24_F

57_S

0.14183

0.661

68_V

72_V

0.14182

0.661

10_L

70_A

0.14155

0.660

83_G

86_W

0.14151

0.660

56_L

103_G

0.14133

0.659

117_K

120_L

0.14087

0.657

168_S

171_E

0.14044

0.655

147_I

151_F

0.13994

0.653

109_A

166_L

0.13922

0.649

26_L

81_L

0.13883

0.647

100_L

104_E

0.13873

0.647

22_A

119_A

0.13849

0.646

43_R

127_R

0.13845

0.646

134_Y

142_F

0.13736

0.641

78_A

91_A

0.13714

0.640

70_A

76_V

0.13672

0.638

128_V

132_L

0.13653

0.637

115_P

119_A

0.13625

0.635

174_E

181_E

0.13607

0.635

28_R

50_E

0.13602

0.634

170_V

173_G

0.13589

0.634

58_T

126_L

0.1355

0.632

21_T

105_I

0.13487

0.629

26_L

30_R

0.13476

0.629

150_L

154_E

0.13465

0.628

58_T

68_V

0.13461

0.628

64_T

100_L

0.13425

0.626

68_V

91_A

0.13424

0.626

71_G

76_V

0.13409

0.625

11_L

146_K

0.13393

0.625

20_E

64_T

0.13366

0.623

35_A

115_P

0.13365

0.623

Legend: The value of the raw score is the function of the learning procedure, L2 normalization and APC (entropic) correction. These are to be used for relative ranking only.