Download Alignment
(Note: includes all positions in family; we filtered this alignment to remove sites that had > 75% gaps before running GREMLIN. )

Length:

198

Sequences:

1236

Seq/Len:

6.24

HH_delta:

0.962 (20Jul13)

GREMLIN Results:
Residue pairs sorted by strength in covariance:Legend: The darker and larger the blue dots, the higher strength in covariance. Below we provide the list of the top [1.5 x length] gremlin predictions, sequence seperation > 3. The i and j are positions as given in the consensus sequence. Show Scaled Distribution

i

j

Raw Score

Scaled Score

144_F

193_F

0.28038

2.997

113_L

139_F

0.24293

2.596

49_Y

90_S

0.19746

2.110

19_G

48_Y

0.19209

2.053

139_F

196_I

0.19179

2.050

28_E

31_S

0.18812

2.011

49_Y

99_G

0.18035

1.928

144_F

149_V

0.17305

1.850

107_E

110_T

0.16715

1.787

130_S

134_F

0.15397

1.646

56_F

59_D

0.15345

1.640

145_V

149_V

0.14842

1.586

52_S

56_F

0.14557

1.556

119_L

129_S

0.14552

1.555

109_S

143_F

0.1403

1.500

106_H

110_T

0.14016

1.498

8_S

114_N

0.13983

1.495

83_T

86_L

0.1398

1.494

159_Y

179_L

0.13945

1.490

53_L

84_L

0.13909

1.487

127_K

131_L

0.13679

1.462

12_A

110_T

0.13637

1.458

8_S

12_A

0.13567

1.450

5_R

11_H

0.13353

1.427

20_L

104_L

0.13336

1.425

191_Y

195_L

0.13062

1.396

5_R

8_S

0.12608

1.348

34_P

38_W

0.1258

1.345

192_W

196_I

0.12355

1.321

112_F

138_L

0.12206

1.305

117_W

121_Y

0.12173

1.301

8_S

59_D

0.12162

1.300

112_F

191_Y

0.12064

1.289

109_S

142_T

0.1184

1.265

11_H

52_S

0.11677

1.248

53_L

87_F

0.11527

1.232

175_P

179_L

0.1151

1.230

112_F

142_T

0.1146

1.225

109_S

114_N

0.11346

1.213

110_T

117_W

0.11167

1.194

140_A

196_I

0.11163

1.193

34_P

37_P

0.11131

1.190

13_I

111_P

0.1113

1.190

12_A

56_F

0.11106

1.187

10_V

84_L

0.11051

1.181

185_L

192_W

0.10971

1.173

103_F

151_F

0.10903

1.165

95_F

177_I

0.10838

1.158

9_F

12_A

0.10815

1.156

159_Y

164_P

0.10734

1.147

11_H

59_D

0.10719

1.146

5_R

114_N

0.10706

1.144

110_T

114_N

0.10645

1.138

148_I

190_I

0.10644

1.138

125_Y

129_S

0.10618

1.135

8_S

11_H

0.10586

1.131

117_W

196_I

0.10567

1.129

141_V

145_V

0.10438

1.116

139_F

192_W

0.10399

1.111

19_G

22_I

0.10359

1.107

160_W

164_P

0.10339

1.105

140_A

197_L

0.1028

1.099

182_L

185_L

0.10261

1.097

63_M

77_L

0.10236

1.094

110_T

113_L

0.10172

1.087

10_V

142_T

0.1009

1.078

109_S

146_F

0.10045

1.074

9_F

118_F

0.09956

1.064

7_V

107_E

0.09924

1.061

185_L

189_N

0.09906

1.059

140_A

143_F

0.09891

1.057

7_V

11_H

0.09878

1.056

55_Y

59_D

0.09865

1.054

12_A

107_E

0.09862

1.054

152_P

190_I

0.09848

1.053

122_L

125_Y

0.09848

1.053

121_Y

139_F

0.09829

1.051

31_S

35_D

0.09819

1.049

193_F

197_L

0.09789

1.046

145_V

180_V

0.0978

1.045

12_A

55_Y

0.09779

1.045

127_K

137_V

0.09779

1.045

128_K

131_L

0.09754

1.043

29_L

36_D

0.09751

1.042

35_D

38_W

0.09713

1.038

71_G

117_W

0.09712

1.038

114_N

118_F

0.09679

1.035

144_F

197_L

0.09655

1.032

128_K

132_Y

0.09654

1.032

18_W

172_W

0.0963

1.029

47_F

125_Y

0.09609

1.027

56_F

107_E

0.0959

1.025

192_W

195_L

0.09563

1.022

158_V

162_V

0.09554

1.021

157_W

161_D

0.0952

1.018

83_T

117_W

0.09518

1.017

106_H

182_L

0.09495

1.015

148_I

184_V

0.09445

1.010

24_L

132_Y

0.09413

1.006

17_I

38_W

0.0937

1.001

142_T

183_L

0.0937

1.001

102_V

110_T

0.09364

1.001

144_F

148_I

0.09351

0.999

11_H

143_F

0.09198

0.983

114_N

139_F

0.09183

0.981

172_W

176_W

0.09174

0.981

164_P

167_L

0.09156

0.979

10_V

145_V

0.09149

0.978

99_G

107_E

0.09109

0.974

178_F

182_L

0.09095

0.972

114_N

117_W

0.09068

0.969

167_L

180_V

0.0905

0.967

156_Y

193_F

0.09027

0.965

173_P

177_I

0.09008

0.963

113_L

116_R

0.0898

0.960

25_N

138_L

0.08973

0.959

8_S

106_H

0.08951

0.957

60_L

81_V

0.0891

0.952

35_D

78_L

0.08878

0.949

18_W

124_G

0.08876

0.949

53_L

64_L

0.08837

0.945

74_W

77_L

0.08823

0.943

75_E

191_Y

0.08811

0.942

8_S

189_N

0.0879

0.939

103_F

139_F

0.08783

0.939

156_Y

160_W

0.0874

0.934

29_L

57_L

0.08738

0.934

7_V

58_Y

0.08725

0.933

188_L

192_W

0.08709

0.931

142_T

146_F

0.08696

0.929

129_S

134_F

0.08695

0.929

20_L

149_V

0.0869

0.929

79_H

192_W

0.0869

0.929

180_V

191_Y

0.0861

0.920

184_V

193_F

0.08558

0.915

143_F

148_I

0.08552

0.914

34_P

134_F

0.08523

0.911

14_V

60_L

0.08517

0.910

171_P

174_V

0.08513

0.910

50_A

54_G

0.08509

0.909

59_D

107_E

0.08488

0.907

18_W

44_L

0.08486

0.907

101_V

105_L

0.08459

0.904

65_L

160_W

0.08427

0.901

167_L

190_I

0.08425

0.900

25_N

39_Y

0.08411

0.899

5_R

12_A

0.08365

0.894

27_P

30_W

0.08322

0.889

82_V

185_L

0.08318

0.889

23_L

81_V

0.08303

0.887

99_G

121_Y

0.08258

0.883

154_L

157_W

0.08234

0.880

83_T

185_L

0.08226

0.879

107_E

116_R

0.08211

0.878

84_L

100_I

0.08211

0.878

58_Y

80_H

0.08205

0.877

140_A

144_F

0.08166

0.873

10_V

78_L

0.08163

0.872

76_M

80_H

0.08158

0.872

114_N

192_W

0.08131

0.869

17_I

21_Y

0.08128

0.869

28_E

92_F

0.08117

0.868

106_H

114_N

0.08059

0.861

75_E

197_L

0.0805

0.860

35_D

48_Y

0.08045

0.860

187_V

191_Y

0.0804

0.859

59_D

62_V

0.08034

0.859

58_Y

63_M

0.08023

0.858

90_S

99_G

0.07988

0.854

128_K

133_R

0.0797

0.852

68_R

184_V

0.07952

0.850

62_V

103_F

0.07949

0.850

142_T

194_Y

0.07946

0.849

168_W

176_W

0.0793

0.848

18_W

51_F

0.07928

0.847

52_S

185_L

0.07925

0.847

71_G

121_Y

0.07906

0.845

83_T

178_F

0.07899

0.844

21_Y

27_P

0.07879

0.842

88_Y

197_L

0.07876

0.842

31_S

141_V

0.07871

0.841

6_V

118_F

0.07865

0.841

110_T

121_Y

0.07836

0.838

18_W

22_I

0.0783

0.837

97_R

134_F

0.07797

0.833

10_V

24_L

0.0779

0.833

107_E

117_W

0.07772

0.831

29_L

101_V

0.07758

0.829

106_H

156_Y

0.07755

0.829

116_R

132_Y

0.0775

0.828

7_V

86_L

0.07731

0.826

160_W

179_L

0.07726

0.826

157_W

162_V

0.07722

0.825

120_K

139_F

0.07722

0.825

177_I

180_V

0.07704

0.823

114_N

189_N

0.07691

0.822

85_V

184_V

0.0769

0.822

67_Y

70_R

0.07687

0.822

99_G

110_T

0.07654

0.818

143_F

151_F

0.07651

0.818

119_L

155_I

0.07601

0.812

172_W

190_I

0.07599

0.812

5_R

106_H

0.07557

0.808

52_S

59_D

0.07515

0.803

164_P

172_W

0.07514

0.803

89_F

93_Y

0.07508

0.802

167_L

184_V

0.07507

0.802

14_V

180_V

0.075

0.802

17_I

20_L

0.0749

0.801

47_F

51_F

0.07487

0.800

46_K

56_F

0.07484

0.800

88_Y

138_L

0.07484

0.800

167_L

171_P

0.07474

0.799

113_L

144_F

0.07469

0.798

99_G

106_H

0.07469

0.798

6_V

54_G

0.0745

0.796

57_L

194_Y

0.07423

0.793

106_H

185_L

0.07419

0.793

167_L

187_V

0.07414

0.792

10_V

14_V

0.07406

0.792

13_I

138_L

0.07403

0.791

17_I

35_D

0.07394

0.790

86_L

117_W

0.07382

0.789

83_T

91_Y

0.07378

0.789

128_K

197_L

0.07373

0.788

12_A

15_S

0.07312

0.782

130_S

133_R

0.0731

0.781

86_L

121_Y

0.07306

0.781

5_R

143_F

0.07305

0.781

67_Y

101_V

0.07285

0.779

56_F

121_Y

0.07264

0.776

148_I

152_P

0.07251

0.775

21_Y

25_N

0.07244

0.774

99_G

185_L

0.07241

0.774

26_D

65_L

0.07239

0.774

139_F

143_F

0.07221

0.772

155_I

182_L

0.072

0.770

106_H

151_F

0.07188

0.768

60_L

119_L

0.07179

0.767

156_Y

163_W

0.07178

0.767

189_N

195_L

0.07173

0.767

102_V

121_Y

0.07172

0.767

80_H

106_H

0.07168

0.766

4_N

7_V

0.07164

0.766

20_L

153_Y

0.07161

0.765

14_V

129_S

0.07156

0.765

116_R

133_R

0.07145

0.764

62_V

114_N

0.07135

0.763

138_L

164_P

0.07123

0.761

143_F

188_L

0.07104

0.759

2_W

118_F

0.071

0.759

13_I

17_I

0.0709

0.758

76_M

79_H

0.07071

0.756

90_S

102_V

0.07064

0.755

56_F

114_N

0.07064

0.755

4_N

121_Y

0.07061

0.755

184_V

188_L

0.07049

0.753

4_N

69_K

0.07047

0.753

87_F

181_L

0.07046

0.753

175_P

178_F

0.07046

0.753

55_Y

69_K

0.07044

0.753

20_L

28_E

0.07039

0.752

14_V

57_L

0.07025

0.751

124_G

129_S

0.07012

0.749

96_G

102_V

0.07004

0.749

9_F

13_I

0.06995

0.748

10_V

17_I

0.0699

0.747

59_D

116_R

0.06987

0.747

52_S

107_E

0.06981

0.746

178_F

190_I

0.06975

0.746

47_F

197_L

0.06972

0.745

78_L

153_Y

0.06966

0.745

125_Y

128_K

0.06963

0.744

67_Y

110_T

0.06961

0.744

82_V

125_Y

0.0694

0.742

Legend: The value of the raw score is the function of the learning procedure, L2 normalization and APC (entropic) correction. These are to be used for relative ranking only.