Download Alignment
(Note: includes all positions in family; we filtered this alignment to remove sites that had > 75% gaps before running GREMLIN. )

Length:

326

Sequences:

1630

Seq/Len:

5

HH_delta:

0.968 (20Jul13)

GREMLIN Results:
Residue pairs sorted by strength in covariance:Legend: The darker and larger the blue dots, the higher strength in covariance. Below we provide the list of the top [1.5 x length] gremlin predictions, sequence seperation > 3. The i and j are positions as given in the consensus sequence. Show Scaled Distribution

i

j

Raw Score

Scaled Score

20_T

23_Q

0.2969

3.261

42_A

278_G

0.24534

2.695

124_L

128_I

0.21167

2.325

68_G

103_A

0.19503

2.142

123_V

127_V

0.17412

1.913

19_L

180_I

0.16606

1.824

105_L

110_F

0.16563

1.819

1_N

92_T

0.16281

1.788

101_I

119_L

0.1565

1.719

25_L

238_L

0.15389

1.690

75_A

325_L

0.15153

1.664

82_I

86_L

0.15114

1.660

4_N

84_T

0.14696

1.614

281_V

286_A

0.14694

1.614

33_F

234_A

0.14606

1.604

142_R

146_R

0.14568

1.600

45_E

49_K

0.14489

1.592

235_L

239_T

0.14448

1.587

80_L

92_T

0.14406

1.582

32_N

190_H

0.14245

1.565

248_V

288_V

0.14222

1.562

26_I

30_I

0.14168

1.556

27_L

184_A

0.14028

1.541

17_R

250_E

0.13884

1.525

178_L

261_F

0.13871

1.524

244_V

247_T

0.1379

1.515

34_L

188_F

0.13788

1.515

223_W

227_L

0.13756

1.511

80_L

84_T

0.13666

1.501

84_T

90_V

0.13643

1.499

9_S

186_V

0.13584

1.492

274_A

281_V

0.13579

1.492

139_I

143_L

0.13547

1.488

144_I

262_S

0.13527

1.486

195_V

233_I

0.13477

1.480

4_N

80_L

0.13444

1.477

37_L

227_L

0.13312

1.462

5_D

8_N

0.1326

1.457

97_V

122_I

0.1325

1.455

94_H

285_H

0.13205

1.451

28_A

187_S

0.13091

1.438

83_A

90_V

0.12959

1.423

313_L

317_L

0.12791

1.405

43_V

46_T

0.12786

1.404

35_G

230_G

0.12708

1.396

4_N

83_A

0.12682

1.393

78_I

82_I

0.12671

1.392

84_T

244_V

0.12626

1.387

120_L

124_L

0.12567

1.380

33_F

231_L

0.12434

1.366

13_A

183_A

0.12356

1.357

128_I

132_I

0.12252

1.346

321_I

325_L

0.12135

1.333

37_L

223_W

0.12058

1.325

206_L

225_I

0.11951

1.313

228_L

322_A

0.11917

1.309

4_N

244_V

0.1188

1.305

140_L

262_S

0.11808

1.297

186_V

255_L

0.11752

1.291

104_G

262_S

0.11745

1.290

4_N

90_V

0.11696

1.285

33_F

37_L

0.11643

1.279

194_D

284_T

0.11628

1.277

179_Q

264_Q

0.11625

1.277

256_D

298_R

0.11501

1.263

146_R

149_L

0.11444

1.257

131_L

316_I

0.1141

1.253

52_V

104_G

0.11342

1.246

188_F

265_L

0.11258

1.237

30_I

227_L

0.11091

1.218

178_L

181_L

0.11082

1.217

125_S

129_S

0.11005

1.209

140_L

269_L

0.10998

1.208

189_A

271_V

0.10983

1.206

134_F

289_G

0.10975

1.206

138_Y

142_R

0.10974

1.205

31_F

184_A

0.10867

1.194

37_L

230_G

0.10836

1.190

18_A

264_Q

0.10834

1.190

145_R

298_R

0.10746

1.180

179_Q

257_P

0.10703

1.176

203_A

221_I

0.10653

1.170

12_T

264_Q

0.10611

1.166

228_L

235_L

0.10598

1.164

32_N

237_T

0.10529

1.157

99_A

103_A

0.10425

1.145

10_F

14_V

0.10394

1.142

13_A

27_L

0.1038

1.140

263_A

287_I

0.10368

1.139

34_L

38_L

0.10337

1.135

47_I

200_G

0.10322

1.134

179_Q

260_G

0.10301

1.132

138_Y

297_A

0.10196

1.120

137_A

290_A

0.1019

1.119

79_W

318_T

0.10145

1.114

266_S

289_G

0.10131

1.113

92_T

196_A

0.10122

1.112

175_F

261_F

0.10118

1.111

42_A

122_I

0.10112

1.111

309_R

313_L

0.10088

1.108

189_A

275_S

0.10044

1.103

40_G

203_A

0.10043

1.103

9_S

260_G

0.09952

1.093

228_L

232_A

0.09926

1.090

88_L

322_A

0.09918

1.089

80_L

197_N

0.09909

1.088

66_M

205_I

0.09907

1.088

231_L

235_L

0.09907

1.088

134_F

296_L

0.09863

1.083

234_A

237_T

0.09783

1.075

19_L

264_Q

0.09781

1.074

143_L

147_I

0.09775

1.074

185_F

268_A

0.09772

1.073

264_Q

287_I

0.09758

1.072

29_A

234_A

0.09752

1.071

30_I

34_L

0.0972

1.068

27_L

35_G

0.09674

1.063

1_N

196_A

0.09641

1.059

283_T

286_A

0.0964

1.059

45_E

48_G

0.09632

1.058

267_S

287_I

0.09629

1.058

30_I

220_E

0.09628

1.058

174_I

178_L

0.09625

1.057

227_L

235_L

0.09617

1.056

119_L

267_S

0.09584

1.053

71_A

75_A

0.09577

1.052

315_W

318_T

0.09568

1.051

75_A

322_A

0.09564

1.051

6_A

237_T

0.09559

1.050

322_A

325_L

0.09546

1.049

136_L

266_S

0.09523

1.046

275_S

278_G

0.09517

1.045

194_D

283_T

0.09502

1.044

52_V

214_V

0.09495

1.043

78_I

325_L

0.09492

1.043

25_L

29_A

0.09483

1.042

4_N

92_T

0.09481

1.041

18_A

127_V

0.09466

1.040

227_L

312_V

0.09465

1.040

78_I

111_S

0.09435

1.036

146_R

324_L

0.09429

1.036

260_G

264_Q

0.0939

1.031

247_T

311_I

0.09369

1.029

177_F

181_L

0.09354

1.027

8_N

190_H

0.09351

1.027

225_I

230_G

0.09314

1.023

182_S

264_Q

0.09306

1.022

71_A

273_I

0.09301

1.022

18_A

176_R

0.09246

1.016

48_G

95_A

0.09211

1.012

140_L

181_L

0.09198

1.010

193_N

271_V

0.09176

1.008

137_A

148_F

0.09126

1.002

3_A

84_T

0.09114

1.001

83_A

92_T

0.09095

0.999

285_H

319_L

0.09094

0.999

23_Q

26_I

0.09069

0.996

242_W

246_R

0.09052

0.994

94_H

190_H

0.0902

0.991

251_K

264_Q

0.09004

0.989

3_A

92_T

0.0899

0.988

131_L

306_K

0.08989

0.987

26_I

152_K

0.08981

0.987

8_N

32_N

0.08945

0.983

127_V

316_I

0.08943

0.982

230_G

233_I

0.08903

0.978

235_L

313_L

0.08865

0.974

273_I

277_L

0.08864

0.974

246_R

251_K

0.08831

0.970

134_F

233_I

0.08825

0.969

125_S

192_A

0.08803

0.967

105_L

108_G

0.08735

0.960

12_T

287_I

0.08716

0.957

80_L

90_V

0.0871

0.957

101_I

113_V

0.08699

0.956

183_A

188_F

0.08687

0.954

128_I

139_I

0.08671

0.952

246_R

324_L

0.0867

0.952

78_I

131_L

0.08662

0.951

319_L

322_A

0.08638

0.949

95_A

219_A

0.08624

0.947

183_A

292_V

0.08594

0.944

34_L

213_S

0.08593

0.944

271_V

286_A

0.08589

0.943

35_G

126_W

0.08585

0.943

53_D

104_G

0.08561

0.940

271_V

275_S

0.08551

0.939

99_A

239_T

0.08531

0.937

98_G

102_G

0.08518

0.936

111_S

213_S

0.08512

0.935

184_A

187_S

0.08498

0.933

24_A

295_G

0.0849

0.933

303_V

308_V

0.08472

0.931

321_I

324_L

0.08459

0.929

285_H

314_G

0.08454

0.929

290_A

326_S

0.08434

0.926

94_H

98_G

0.08405

0.923

36_A

271_V

0.08385

0.921

50_G

53_D

0.08384

0.921

78_I

85_W

0.08378

0.920

191_G

236_G

0.08365

0.919

6_A

233_I

0.08351

0.917

30_I

324_L

0.08325

0.914

86_L

214_V

0.08318

0.914

12_T

263_A

0.08315

0.913

49_K

114_N

0.08315

0.913

197_N

204_A

0.08296

0.911

248_V

291_I

0.08287

0.910

312_V

316_I

0.08269

0.908

306_K

312_V

0.08268

0.908

106_A

326_S

0.08266

0.908

263_A

291_I

0.08249

0.906

20_T

173_K

0.08248

0.906

139_I

324_L

0.0824

0.905

250_E

254_K

0.0824

0.905

88_L

97_V

0.08228

0.904

14_V

24_A

0.08225

0.903

286_A

290_A

0.08214

0.902

43_V

278_G

0.08211

0.902

5_D

318_T

0.08202

0.901

13_A

36_A

0.08202

0.901

8_N

318_T

0.08193

0.900

273_I

321_I

0.08188

0.899

8_N

283_T

0.08188

0.899

84_T

197_N

0.08181

0.899

131_L

135_I

0.08175

0.898

51_I

200_G

0.08175

0.898

192_A

292_V

0.08131

0.893

267_S

275_S

0.0813

0.893

207_I

219_A

0.08111

0.891

195_V

232_A

0.08107

0.891

17_R

243_R

0.08099

0.890

80_L

96_L

0.08095

0.889

75_A

321_I

0.08088

0.888

253_T

302_S

0.08087

0.888

183_A

225_I

0.08087

0.888

87_G

293_G

0.08086

0.888

110_F

116_S

0.08079

0.887

199_I

229_G

0.08079

0.887

8_N

28_A

0.08074

0.887

74_L

132_I

0.08067

0.886

26_I

273_I

0.08025

0.882

189_A

272_L

0.0802

0.881

109_G

235_L

0.08007

0.880

190_H

224_W

0.07996

0.878

36_A

40_G

0.07993

0.878

195_V

229_G

0.07982

0.877

19_L

31_F

0.07982

0.877

192_A

275_S

0.07978

0.876

197_N

201_P

0.07971

0.876

78_I

235_L

0.07968

0.875

132_I

273_I

0.07946

0.873

6_A

180_I

0.07942

0.872

111_S

231_L

0.07933

0.871

81_L

242_W

0.07917

0.870

120_L

148_F

0.07914

0.869

180_I

230_G

0.07911

0.869

185_F

269_L

0.07905

0.868

82_I

235_L

0.07876

0.865

131_L

239_T

0.07875

0.865

104_G

112_A

0.07859

0.863

256_D

259_R

0.07852

0.863

19_L

23_Q

0.07846

0.862

48_G

204_A

0.07842

0.861

145_R

150_R

0.0784

0.861

29_A

68_G

0.07834

0.861

75_A

99_A

0.07809

0.858

84_T

243_R

0.07804

0.857

68_G

88_L

0.07798

0.857

90_V

244_V

0.0779

0.856

73_L

188_F

0.0779

0.856

127_V

131_L

0.07784

0.855

40_G

104_G

0.0778

0.855

13_A

264_Q

0.07778

0.854

87_G

243_R

0.07774

0.854

195_V

270_T

0.07773

0.854

179_Q

241_G

0.07753

0.852

55_S

324_L

0.07751

0.851

182_S

260_G

0.07744

0.851

203_A

207_I

0.07741

0.850

110_F

135_I

0.07733

0.849

83_A

244_V

0.07728

0.849

95_A

318_T

0.07721

0.848

82_I

146_R

0.07709

0.847

27_L

31_F

0.07708

0.847

247_T

307_T

0.07701

0.846

313_L

324_L

0.07692

0.845

266_S

270_T

0.07687

0.844

82_I

170_R

0.07672

0.843

6_A

32_N

0.07657

0.841

48_G

93_T

0.07651

0.840

6_A

271_V

0.0765

0.840

13_A

253_T

0.07641

0.839

86_L

105_L

0.07639

0.839

97_V

291_I

0.07622

0.837

141_Y

292_V

0.07615

0.836

5_D

283_T

0.07612

0.836

141_Y

145_R

0.07608

0.836

5_D

284_T

0.07593

0.834

271_V

281_V

0.0759

0.834

51_I

313_L

0.07579

0.833

181_L

269_L

0.07575

0.832

188_F

191_G

0.07572

0.832

86_L

235_L

0.07569

0.831

243_R

252_I

0.07563

0.831

125_S

284_T

0.07563

0.831

21_P

86_L

0.07562

0.831

119_L

123_V

0.07539

0.828

3_A

16_S

0.07537

0.828

268_A

275_S

0.0753

0.827

79_W

90_V

0.07524

0.826

131_L

144_I

0.0752

0.826

16_S

32_N

0.07513

0.825

76_A

271_V

0.07511

0.825

223_W

231_L

0.07502

0.824

72_A

76_A

0.07501

0.824

188_F

202_L

0.0748

0.822

55_S

140_L

0.07468

0.820

169_P

173_K

0.07467

0.820

194_D

197_N

0.07461

0.820

145_R

256_D

0.07445

0.818

43_V

198_A

0.07429

0.816

5_D

12_T

0.07406

0.814

4_N

8_N

0.07394

0.812

252_I

311_I

0.07373

0.810

37_L

269_L

0.0737

0.810

255_L

263_A

0.07364

0.809

16_S

93_T

0.07362

0.809

284_T

318_T

0.07351

0.807

36_A

46_T

0.0735

0.807

192_A

286_A

0.07341

0.806

239_T

245_I

0.0734

0.806

86_L

128_I

0.07331

0.805

250_E

253_T

0.0733

0.805

56_Y

273_I

0.07324

0.805

78_I

326_S

0.07319

0.804

111_S

215_N

0.0731

0.803

266_S

286_A

0.07303

0.802

48_G

52_V

0.07302

0.802

50_G

278_G

0.07301

0.802

19_L

234_A

0.07291

0.801

123_V

128_I

0.07289

0.801

98_G

125_S

0.07277

0.799

116_S

139_I

0.0727

0.799

269_L

273_I

0.07265

0.798

144_I

175_F

0.07264

0.798

3_A

240_G

0.0726

0.797

27_L

245_I

0.0725

0.796

196_A

203_A

0.07248

0.796

137_A

275_S

0.07246

0.796

58_T

68_G

0.07234

0.795

114_N

124_L

0.07233

0.795

80_L

83_A

0.07232

0.794

142_R

145_R

0.07228

0.794

48_G

219_A

0.0722

0.793

173_K

231_L

0.07208

0.792

16_S

80_L

0.07202

0.791

19_L

127_V

0.07201

0.791

281_V

314_G

0.07199

0.791

139_I

171_V

0.07199

0.791

111_S

135_I

0.07197

0.791

124_L

127_V

0.0719

0.790

92_T

197_N

0.07187

0.789

221_I

226_L

0.07187

0.789

282_S

318_T

0.07186

0.789

122_I

125_S

0.07166

0.787

88_L

314_G

0.0715

0.785

38_L

312_V

0.07146

0.785

38_L

42_A

0.07144

0.785

29_A

187_S

0.07138

0.784

3_A

83_A

0.07136

0.784

112_A

316_I

0.07134

0.784

7_A

193_N

0.07133

0.784

121_K

135_I

0.0713

0.783

190_H

194_D

0.07126

0.783

285_H

323_A

0.07126

0.783

93_T

259_R

0.07119

0.782

43_V

267_S

0.07116

0.782

17_R

240_G

0.07113

0.781

94_H

284_T

0.07112

0.781

252_I

289_G

0.07112

0.781

22_R

151_R

0.07108

0.781

240_G

243_R

0.07106

0.781

133_A

310_K

0.07103

0.780

120_L

123_V

0.0709

0.779

110_F

119_L

0.07087

0.778

79_W

94_H

0.07086

0.778

113_V

231_L

0.07081

0.778

28_A

237_T

0.0708

0.778

143_L

173_K

0.07075

0.777

306_K

309_R

0.0707

0.777

317_L

320_P

0.07064

0.776

119_L

184_A

0.07059

0.775

78_I

173_K

0.07053

0.775

214_V

222_P

0.07045

0.774

10_F

186_V

0.07035

0.773

31_F

248_V

0.07034

0.773

31_F

182_S

0.07033

0.773

27_L

187_S

0.07031

0.772

318_T

323_A

0.07028

0.772

53_D

147_I

0.07026

0.772

72_A

100_L

0.07021

0.771

111_S

146_R

0.07015

0.771

5_D

14_V

0.07003

0.769

137_A

186_V

0.07

0.769

9_S

190_H

0.06995

0.768

36_A

189_A

0.06995

0.768

138_Y

250_E

0.06991

0.768

52_V

75_A

0.06987

0.767

5_D

190_H

0.06983

0.767

242_W

285_H

0.0698

0.767

308_V

312_V

0.06967

0.765

133_A

286_A

0.06965

0.765

5_D

194_D

0.0696

0.765

143_L

146_R

0.0696

0.765

299_G

304_N

0.06958

0.764

23_Q

201_P

0.06957

0.764

26_I

82_I

0.06947

0.763

195_V

201_P

0.06942

0.763

142_R

310_K

0.06936

0.762

71_A

254_K

0.06933

0.762

254_K

298_R

0.06923

0.760

306_K

310_K

0.06919

0.760

302_S

310_K

0.0691

0.759

126_W

196_A

0.06903

0.758

50_G

113_V

0.06896

0.757

79_W

190_H

0.06895

0.757

139_I

317_L

0.06891

0.757

196_A

284_T

0.06884

0.756

107_S

180_I

0.06883

0.756

98_G

322_A

0.06876

0.755

37_L

85_W

0.06872

0.755

277_L

321_I

0.06872

0.755

27_L

34_L

0.06865

0.754

34_L

131_L

0.06859

0.753

181_L

188_F

0.06859

0.753

169_P

321_I

0.06857

0.753

283_T

318_T

0.06854

0.753

132_I

279_L

0.06849

0.752

78_I

177_F

0.06847

0.752

198_A

201_P

0.06846

0.752

Legend: The value of the raw score is the function of the learning procedure, L2 normalization and APC (entropic) correction. These are to be used for relative ranking only.

HHsearch Results:
Top (length/2) GREMLIN results overlayed on top 10 PDB hits: Legend: The grey circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The coloring of these circles is based on HHsearch results which uses the overall probability, per-site alignment prob and agreement of top hits weighted by HHsearch score (Note we only consider monomeric contacts, there might be homo-oligomeric contacts in the pdb that are not shown.)