Download Alignment
(Note: includes all positions in family; we filtered this alignment to remove sites that had > 75% gaps before running GREMLIN. )

Length:

114

Sequences:

2825

Seq/Len:

24.78

HH_delta:

0.925 (20Jul13)

GREMLIN Results:
Residue pairs sorted by strength in covariance:Legend: The darker and larger the blue dots, the higher strength in covariance. Below we provide the list of the top [1.5 x length] gremlin predictions, sequence seperation > 3. The i and j are positions as given in the consensus sequence. Show Scaled Distribution

i

j

Raw Score

Scaled Score

13_Y

17_R

0.89577

4.629

10_F

14_W

0.6186

3.197

14_W

17_R

0.59615

3.081

98_R

102_L

0.40293

2.082

104_V

108_H

0.3298

1.704

18_L

22_I

0.32685

1.689

88_H

109_H

0.31729

1.640

29_H

33_H

0.30887

1.596

93_H

96_P

0.30648

1.584

24_F

27_R

0.3057

1.580

15_M

19_L

0.29707

1.535

28_I

49_L

0.29175

1.508

98_R

101_Y

0.28469

1.471

12_E

15_M

0.28407

1.468

109_H

113_H

0.27958

1.445

109_H

112_H

0.27596

1.426

18_L

25_L

0.27451

1.419

4_G

76_G

0.27268

1.409

84_Y

87_I

0.26974

1.394

29_H

32_H

0.26455

1.367

31_V

47_H

0.26318

1.360

22_I

25_L

0.26122

1.350

16_H

20_H

0.25994

1.343

44_F

81_Y

0.2545

1.315

47_H

50_E

0.2487

1.285

8_W

80_F

0.23713

1.225

6_L

10_F

0.23523

1.216

35_P

42_S

0.23432

1.211

4_G

68_F

0.23363

1.207

46_F

51_A

0.22956

1.186

54_L

58_P

0.2203

1.138

94_R

97_P

0.21758

1.124

43_A

84_Y

0.21369

1.104

83_W

87_I

0.21345

1.103

107_R

111_L

0.21045

1.088

8_W

76_G

0.20915

1.081

38_P

45_R

0.20877

1.079

94_R

98_R

0.20809

1.075

51_A

55_A

0.20717

1.071

54_L

57_L

0.20709

1.070

69_H

72_A

0.20633

1.066

8_W

12_E

0.20632

1.066

99_L

102_L

0.20552

1.062

103_F

106_P

0.20499

1.059

11_W

15_M

0.20145

1.041

20_H

33_H

0.1997

1.032

79_L

83_W

0.19676

1.017

32_H

88_H

0.19664

1.016

43_A

46_F

0.19599

1.013

97_P

101_Y

0.19598

1.013

46_F

84_Y

0.19377

1.001

59_L

64_L

0.19317

0.998

101_Y

105_T

0.1928

0.996

41_L

45_R

0.19225

0.993

12_E

46_F

0.1918

0.991

82_L

86_F

0.18943

0.979

81_Y

84_Y

0.18712

0.967

3_L

7_L

0.18603

0.961

76_G

80_F

0.18578

0.960

40_P

43_A

0.18523

0.957

73_F

81_Y

0.18345

0.948

106_P

110_D

0.18327

0.947

37_N

42_S

0.18227

0.942

64_L

73_F

0.18165

0.939

8_W

81_Y

0.1816

0.938

99_L

103_F

0.17775

0.919

72_A

75_L

0.17746

0.917

95_F

98_R

0.17661

0.913

105_T

108_H

0.17619

0.910

63_L

73_F

0.17575

0.908

9_D

12_E

0.17545

0.907

93_H

97_P

0.17426

0.901

78_A

82_L

0.17394

0.899

11_W

62_P

0.17386

0.898

46_F

81_Y

0.1727

0.892

97_P

102_L

0.17194

0.889

34_S

45_R

0.1701

0.879

100_R

104_V

0.16967

0.877

15_M

18_L

0.16954

0.876

9_D

104_V

0.16898

0.873

63_L

67_P

0.1684

0.870

30_K

37_N

0.16806

0.868

13_Y

16_H

0.16764

0.866

28_I

47_H

0.16753

0.866

11_W

77_I

0.16711

0.864

16_H

29_H

0.16612

0.858

37_N

40_P

0.16588

0.857

88_H

113_H

0.16539

0.855

48_P

55_A

0.16478

0.852

32_H

109_H

0.16396

0.847

44_F

48_P

0.16287

0.842

7_L

66_L

0.16222

0.838

51_A

58_P

0.16212

0.838

83_W

86_F

0.16201

0.837

77_I

80_F

0.161

0.832

39_T

42_S

0.16094

0.832

26_W

35_P

0.16035

0.829

37_N

75_L

0.15981

0.826

19_L

53_L

0.15896

0.821

4_G

73_F

0.15887

0.821

76_G

84_Y

0.15855

0.819

49_L

53_L

0.15765

0.815

7_L

10_F

0.15746

0.814

88_H

112_H

0.15745

0.814

96_P

99_L

0.15618

0.807

111_L

114_S

0.15486

0.800

90_G

110_D

0.15473

0.800

2_L

6_L

0.1543

0.797

63_L

66_L

0.15429

0.797

31_V

34_S

0.15353

0.793

38_P

90_G

0.15334

0.792

22_I

26_W

0.15302

0.791

20_H

29_H

0.15291

0.790

19_L

84_Y

0.15181

0.784

72_A

76_G

0.15154

0.783

7_L

53_L

0.15089

0.780

12_E

87_I

0.15088

0.780

41_L

111_L

0.15064

0.778

107_R

110_D

0.15002

0.775

40_P

87_I

0.14991

0.775

32_H

113_H

0.14975

0.774

67_P

73_F

0.14921

0.771

53_L

56_L

0.14916

0.771

28_I

50_E

0.14823

0.766

87_I

104_V

0.14794

0.764

40_P

44_F

0.14777

0.764

37_N

91_Y

0.14748

0.762

8_W

19_L

0.14698

0.760

37_N

74_L

0.14697

0.759

40_P

45_R

0.14688

0.759

44_F

51_A

0.14688

0.759

51_A

76_G

0.14653

0.757

30_K

46_F

0.14643

0.757

4_G

8_W

0.14626

0.756

78_A

81_Y

0.14613

0.755

41_L

44_F

0.14518

0.750

71_L

75_L

0.14517

0.750

64_L

70_A

0.14496

0.749

106_P

111_L

0.14346

0.741

15_M

53_L

0.14294

0.739

35_P

45_R

0.14288

0.738

11_W

57_L

0.1425

0.736

35_P

107_R

0.14232

0.735

32_H

112_H

0.14101

0.729

80_F

84_Y

0.14044

0.726

23_P

52_L

0.14014

0.724

46_F

50_E

0.13924

0.720

25_L

41_L

0.13867

0.717

48_P

72_A

0.13833

0.715

49_L

56_L

0.13833

0.715

48_P

51_A

0.13831

0.715

16_H

33_H

0.13825

0.714

77_I

81_Y

0.13821

0.714

53_L

59_L

0.13703

0.708

39_T

45_R

0.13673

0.707

12_E

57_L

0.13644

0.705

71_L

78_A

0.13607

0.703

44_F

54_L

0.13597

0.703

50_E

87_I

0.1358

0.702

23_P

94_R

0.13554

0.700

23_P

28_I

0.13547

0.700

38_P

43_A

0.13521

0.699

4_G

80_F

0.13504

0.698

96_P

100_R

0.1349

0.697

3_L

64_L

0.13484

0.697

Legend: The value of the raw score is the function of the learning procedure, L2 normalization and APC (entropic) correction. These are to be used for relative ranking only.